Der Malachitdom liegt im nordöstlichen Rheinischen Schiefergebirge im Düstertal bei Bad-Wünnenberg-Bleiwäsche. Der Gesteinsuntergrund besteht hier aus Briloner Massenkalk, der sich im Erdzeitalter des Devons bis vor rund 360 Millionen Jahren aus Riffkarbonaten eines Korallenriffs bildete. Der Massenkalk ist ein begehrter Rohstoff und wird hier durch die Mitteldeutsche-Hartstein-Industrie (MHI) GmbH in einem Großsteinbruch abgebaut.
Das Düstertal ist reich an Höhlen, da der Kalkstein verkarstungsfähig ist und mehrere Bachschwinden im Umfeld für das „Auswaschen“ von Hohlräumen sorgten. 1987 wurde durch die Steinbrucharbeiten das Höhlensystem Kreiselhalle-Malachitdom angesprengt und durch Briloner Höhlenforscher entdeckt. Seit über 30 Jahren wird nun schon über den Erhalt oder den Abbau der Höhle gestritten.
Die Zentralhalle des Malachitdoms ist der größte bekannte freitragende Höhlenraum in Nordrhein-Westfalen. Die Benennung der Höhle geht auf im Höhlenraum vorhandene Kupfermineralien wie Malachit und Azurit zurück. Unter dem Einfluss dieser Mineralien entstanden grün (Malachit) und blau (Azurit) gefärbte Tropfsteine, die ebenso einzigartig sind, wie die vielfältigen Sinterformen in der Höhle. Durch den Kreisel, einer Deckenöffnung der Kreiselhalle, wurden zahlreiche Überreste eiszeitlicher Tiere wie Höhlenbär, Wildpferd und Auerochse in die Höhle gespült. Aus diesem Grund stellt sie auch ein paläontologisches Bodendenkmal dar.Im Malachitdom werden immer wieder Fledermäuse bei der Überwinterung angetroffen. Auf welchen Weg sie in die Höhle gelangen ist noch unklar.
Die Höhle ist sehr gut erforscht und zahlreiche Veröffentlichungen liegen vor. Gerade für die Klimaforschung rücken Höhlen als Klimaarchiv aktuell besonders in den Fokus. Neben den Wissenschaftlern werden am Tag des Geotops jährlich kleine Besuchergruppen durch die Höhle geführt. Als Schauhöhle ist der Malachitdom im jetzigen, unerschlossenen Zustand aber nicht geeignet. Zudem würde dies der aktive Steinbruchbetrieb nicht zulassen.
Die meisten Experten sind sich jedoch einig, dass der Malachitdom ein herausragendes und überregional bedeutendes Naturdenkmal ist, welches dauerhaft geschützt werden muss. Trotzdem wurde der Schutzstatus des Naturdenkmals nach 20 Jahren am 31.12.2011 aberkannt, da hohe Schadensersatzforderungen für entgangenen Steinabbau im Bereich der Höhle seitens der MHI gefordert wurden, für die niemand aufkommen wollte.Der Steinbruch liegt auf städtischem Gebiet. Für das Abbaurecht auf Kalkstein erhält die Stadt Bad Wünnenberg einen Bruchzins. Der Pachtvertrag zwischen Stadt und Steinbruchbetreiber läuft 2020 aus.
2017 wurde das Bundesnaturschutzgesetz novelliert. Höhlen und naturnahe Stollen wurden dadurch zu besonders geschützten Biotopen erklärt. Aus diesem Grund wurde der Abbauantrag, den die Steinbruchbetreiber 2018 für die Höhle stellten, durch den Kreis Paderborn als zuständige Behörde abgelehnt. Gegen diesen ablehnenden Bescheid reichte die MHI beim Verwaltungsgericht Minden Klage ein. Eine Entscheidung hierzu steht noch aus. Sollte es zu einer Sprengung der Höhle kommen, würden die Auswirkungen der Steinbrucharbeiten, wie in der Vergangenheit, in Bleiwäsche sehr viel deutlicher zu spüren sein, da dann wieder in Richtung Dorf abgebaut würde.